El Reiki Usui tiene 3 niveles más Maestría Docente. En Reiki 1 el discípulo recibe su primer alineamiento combinado; luego otro para el grado de Reiki 2 y otro más para el Reiki 3; Cuando decide ser Maestro Docente, recibe otro alineamiento y las instrucciones para alinear a otras personas. Las personas que lo reciben experimentan sensaciones determinadas, aunque según la persona, diferentes. Dicho alineamiento no aporta nada nuevo; solo abre y sintoniza lo que ya estaba en la persona.
En Reiki I el alineamiento sana, en el plano físico los malestares de la persona que lo recibe; la salud física suele acusar mejoría perceptible durante los meses siguientes al alineamiento, y las sesiones de Reiki I son primordialmente auto-terapéuticas. El terapeuta de Reiki I también puede obtener la curación de una persona físicamente presente. Este proceso, se lo llama de Sanación directa: el sanador debe imponer las manos directamente sobre la persona o sobre sí mismo. Se tarda aproximadamente 3 semanas para que la energía se acomode y la persona se adapte al alineamiento, teniendo en cuenta que está entrando en su aura y su organismo un flujo de Ki (energía) más intenso que cuanto haya experimentado antes, lo cual purifica el aura y los chacras. Por ese motivo es recomendable, después del primer alineamiento, practicar diariamente una sesión de auto terapia; por lo menos por los primeros 21 días lo ideal sería hacerse el auto tratamiento 2 veces por día. También en este nivel se trata animales, alimentos, plantas, medicamentos proporcionándoles energía Vital universal para su mejor funcionamiento.

El alineamiento Reiki II aumenta considerablemente la capacidad de
energía curativa, dirigiéndose ésta de manera más específica a los
aspectos emocionales, mentales y kármicos de la curación en quién lo recibe. La curación en el nivel Reiki II añade instrumentos como los símbolos para sanar a alguien que no está físicamente presente: es la curación a distancia. El Reiki III incrementa aún más las herramientas de trabajo para el Terapeuta, porque recibe el símbolo considerado como de Maestría practicante del Sistema USUI. Se le llama a este nivel la “Sanación del alma”. La siguiente etapa es la de Maestro de La Luz, entendiendo por Sensei sencillamente lo que indica la palabra. Alguien que ha llegado a dominar un sistema y está capacitado para transmitirlo; sin añadir ninguna connotación de vanidad ni sentido de la propiedad alguno. El terapeuta de Reiki III experimenta una acentuación aún mayor de su capacidad de canalizar energía. El Reiki III comprende nuevos símbolos y el grado de Maestro de la Luz (Docente) comprende el método para pasar los alineamientos. Este grado se recomienda solamente a quienes pretendan dedicarse en serio a la tarea de Sanación, y más en particular a quienes deseen enseñarlo y hacer del método una parte esencial de su vida.